生物发酵产业具有专业性强、创新活跃、新产品新技术更新快、时效性强的特点，全行业对标准的需求度高，要求标准化工作具有快速反应、快速跟进的要求。截至2017年底，中国生物发酵产业协会组织、牵头、参与制修订的食品安全国家标准、行业标准已达80余项。
2015年10月，中国生物发酵产业协会制定发布了《中国生物发酵产业团体标准制定管理实施细则》，组建中国生物发酵产业标准化技术委员会，使生物发酵产业团体标准的制修订走上了规范发展之路。目前，中国生物发酵产业协会已发布7项团体标准，正在制定22项团体标准。为了提高发酵行业标准起草的科学性和编写的规范性，协会还面向生产企业、大专院校和科研机构从事标准化工作的人员，组织了国家标准、行业标准和团体标准文本及编制说明的培训班。
酵素是生物发酵产业中的新兴行业，近几年，酵素行业发展较为迅速，产品种类日益增多，市场容量不断增大，企业数量增长迅猛。由于国内外尚无酵素的相关标准，近几年酵素产品在社会上引起了很多争议，集中体现在酵素定义不明、产品分类不明、企业良莠不齐、宣传过度夸大，国内酵素行业的蓬勃发展与来自社会的大量质疑形成了中国酵素行业的主要矛盾。
为此，2016年中国生物发酵产业协会组织酵素行业生产企业、科研机构、质检机构制定并批准发布《酵素产品分类导则》(T/CBFIA 08001－2016)、《食用酵素良好生产规范》(T/CBFIA 08002－2016)两项团体标准。标准一经发布，在酵素行业引起很大反响，推动我国酵素行业逐步走向良性健康发展。陕西省渭南市依据标准的科学分类及良好生产规范，投资20亿元筹建了“中国酵素城”特色产业区域。2017年5月，协会发布实施了《食用植物酵素》(T/CBFIA 08003－2017)标准，该标准进一步规范了食用植物酵素产品的质量及安全，为酵素产品食品安全提供了保障，为质检部门提供了法规基础。
以3项团标为技术基础与认定依据，中国生物发酵产业协会在酵素行业启动了“食用酵素产品规范生产企业”认定工作，最终认定了10家食用酵素企业为“食用酵素产品规范生产企业”。自3项团体标准发布以来，业内已有近百家企业、科研机构、质检机构、监管部门应用。为了进一步完善酵素行业标准建设，协会申报立项了《植物酵素》和《酵素产品分类导则》两项轻工行业标准，并已经完成了报批工作。
生物发酵产业大宗产品味精和柠檬酸，曾经是一个高能耗、高水耗、高污染的行业，从上世纪90年代开始，国家和行业协会出台了多项举措整治味精、柠檬酸生产过程中的环境污染问题，提高行业清洁生产水平、节能降耗。在此过程中，协会牵头组织或参与制定了《取水定额第9部分：味精制造》《节水型企业味精行业》《清洁生产标准味精工业》《味精单位产品能源消耗限额》《柠檬酸工业污染物排放标准》《取水定额第23部分：柠檬酸制造》《柠檬酸单位产品能源消耗限额》等清洁生产、能耗水耗限额、环保排放标准，极大地促进了行业生产技术水平提升，大幅降低了能耗和水耗，实现了全行业节能减排降耗的效果。
在多项标准的引领下，味精行业的单位产品平均水耗由2010年的65吨下降到目前的30吨以下，降幅达到54%；单位产品平均综合能耗由2010年的1.75吨标煤降到目前的1.2吨标煤以下，降幅达到31%。柠檬酸行业的单位产品平均水耗由2010年的25.45吨下降到目前的16.10吨以下，降幅达到37%；单位产品平均综合能耗由2010年的0.77吨标煤降到目前的0.44吨标煤以下，降幅达到43%。
目前，生物发酵行业已有4家企业被国家认定为绿色工厂，协会正在构建生物发酵绿色制造标准体系，制定绿色设计产品和绿色工厂团体标准，逐步引领行业走向绿色制造的发展之路。
